قلیان چوبی از زمان های قدیم در ایران رایج بوده و امروزه هم مصرف این گونه قلیان ها زیاد به چشم می خورد. تمایل به استفاده از قلیان از جنس چوب بیشتر به خاطر صدای قل قل آن است، که بسیار جلب توجه می کند. بطوریکه صدای آن در مقایسه با طمعش، طرفدار بیشتری دارد. جنس قلیان تنه چوبی گردو ، از درخت گردو یا پسته می باشد.
آب درون کوزه شیشه ای قلیان تنه چوبی باید بعد ازاستفاده، تخلیه شود چون با ماندن آب در درون مخزن بوی بد می گیرد. جهت مصرف قلیان چوبی که در آن از تنباکوی میوه استفاده می شود بهتر است فقط از یک نوع طعم استفاده شود، زیرا بوی تنباکو در بدنه چوبی قلیان چوبی نفوذ می کند.
قلیان های چوبی از بخش هایی مانند کوزه، بادگیر ، میلاب، نی، تنه، سر قلیان تشکیل می شود. البته می دانیم که قلیان هم در سفر و هم در خانه مورد مصرف عموم است و به همین خاطر در سایزها و شکل های مختلف تولید می شود.
اگر جنس قلیان چوبی از چوب گردو باشد دیگر مشکل ایجاد ترک در موقع استفاده پیش نمی آید. قلیان های چوبی که از جنس گردو نباشند پس از مدتی در هنگام مصرف ترک خورده و غیر قابل استفاده می شوند. پیشنهاد می شود اشخاصی که فقط یک مزه در قلیان استفاده می کنند، قلیان تنه چوبی گردو را بکار گیرند.
باید به این مسئله توجه کرد که تنه چوبی قلیان نمناک و خیس نباشد و در هنگام تمیز کردن آن می توان از وسیله ای بنام میانه شور استفاده کرد. مورد مهم دیگر این است که پس از مصرف قلیان حتما آب درون کوزه آن تخلیه شود که از طبله کردن میانه جلوگیری شود. همچنین وقتی آب درمخزن موجود باشد می توان تنگ آب را تمیز کرد و سبب جلوگیری از ایجاد و تولید آلودگی در آن می شود.
